Theo Bộ GTVT, hiện đường sắt liên vận vẫn còn nhiều hạn chế do giới hạn bởi hạ tầng, ngoài khác biệt về khổ ray 1.000mm của Việt Nam với 1.435mm của các nước, các ga hàng hoá còn thiếu bãi hàng, đường xếp dỡ, chiều dài các ga, kết nối với các loại hình vận tải khác, đặc biệt là vận tải contaner… Tình trạng này chủ yếu do vốn đầu tư cho đường sắt hạn chế, chưa được quan tâm đầu tư từ ngân sách Nhà nước trong nhiều năm qua.

Để tăng năng lực vận tải hàng hoá đường sắt, đặc biệt với tàu liên vận quốc tế, Bộ GTVT đề xuất Chính phủ dùng ngân sách đầu tư cải thiện hạ tầng đường sắt. Trong đó, giai đoạn 2022-2025, bố trí vốn cải tạo, nâng cấp hạ tầng các ga liên vận quốc tế hiện có để tăng năng lực thông quan, xếp dỡ hàng container.

Bộ GTVT dự kiến giai đoạn tới năm 2025 ưu tiên đầu tư, nâng cấp 7 ga phục vụ vận tải liên vận quốc tế, với tổng mức đầu tư khoảng hơn 860 tỷ đồng, gồm các ga: Đồng Đăng, Lào Cai, Kép, Vật Cách, Kim Liên, Diêu Trì, Sóng Thần. Giai đoạn 2026 - 2030, tiếp tục đầu tư xây dựng các ga liên vận quốc tế trên 2 hành lang Bắc - Nam và Đông - Tây theo quy hoạch, ưu tiên các ga: Ngọc Hồi, Lạc Đạo, Bắc Hồng, Yên Viên, Trảng Bom.